A imunodeficiência decorre de defeitos no sistema imunológico. Diversas doenças podem apresentar baixos níveis de imunoglobulinas. Imunodeficiência variável comum (IDVC) é definida por concentrações séricas de IgG total baixas, assim como IgA. Deficiência de IgA (DIGA) é uma variante imunológica relativamente comum, que é assintomática na maioria dos indivíduos afetados. Raramente a DIGA pode estar associada a doenças auto-imunes e gastrintestinais. A deficiência de subclasses de IgG é definida como a falta relativa de uma ou mais subclasses de IgG, com uma concentração normal ou quase normal de IgG total no soro em um paciente com infecções recorrentes graves.
Probióticos podem ter ações imunomoduladoras. No entanto, diversos estudos e organizações mundiais ainda não recomendam de rotina, o uso de probióticos em pacientes imunocomprometidos. Dessa forma, não existem evidências científicas do uso de probióticos para esses pacientes.