A composição centesimal da soja preta é equivalente à do grão amarelo. A maior quantidade de compostos fenólicos e flavonóides e a presença de antocianinas na soja preta são responsáveis pelas propriedades diferenciadas em relação à amarela. Isto porque essas substâncias são responsáveis por evitar reações de oxidação de moléculas que podem acelerar o processo de morte celular.
Ao comprovar a relação entre compostos fenólicos, flavonóides e antocianinas com a antioxidação, um estudo conduzido por uma pesquisadora da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP indicou que, em média, a soja preta apresenta o dobro dessa capacidade.
A soja preta também tem efeitos na redução do ganho de peso corporal e na melhora do perfil lipídico. Um estudo avaliou o efeito de antocianinas extraídas de soja preta sobre o peso corporal e perfil lipídico de ratos alimentados com uma dieta rica em gordura. Metade dos ratos recebeu dieta padrão suplementada com 16% de gordura de porco (grupo controle) e a outra metade recebeu a mesma dieta acrescida de 10% de soja preta. Os resultados demonstram que os ratos alimentados com soja preta apresentaram menor ganho de peso (p<0,05), redução dos níveis de lipoproteína de baixa densidade (LDL-colesterol) e triglicerídeos (p<0,05) e aumento dos níveis de lipoproteínas de alta densidade (HDL-colesterol) em comparação ao grupo controle.