De maneira geral microrganismos probióticos são seguros e tem poucos efeitos colaterais. Como os microorganismos têm importantes efeitos sobre o sistema imunológico, em certas condições de imunossupressão, eles devem ser evitados. Por exemplo, em pacientes críticos graves na UTI, em potencial, poderia ocorrer contaminação e infecção por microorganismos probióticos. Particularmente em condições graves em pacientes críticos, imunodeprimidos, com barreira intestinal não funcionando adequadamente, pode haver translocação bacteriana, ou a infecção pode ser causada por contaminação de probióticos atingindo o cateter venoso central e daí a corrente sanguínea. Autores acreditam que isso possa ocorrer na manipulação inadequada do probiótico no quarto do paciente e indicam extremo cuidado na sua administração.
