O corpo humano é habitado por trilhões de micro-organismos, como bactérias, vírus e fungos, o que chamamos de microbioma. Atualmente, sabe-se que esse microbioma possui funções importantes na manutenção da saúde e surgimento de doenças. O reconhecimento do seu genoma e a influencia na saúde tem sido objeto de estudo de inúmeras pesquisas científicas.
Pode-se considerar que, aproximadamente, de 1 a 2kg do peso corporal total corresponde aos trilhões de bactérias que habitam somente o trato gastrointestinal. A microbiota intestinal, nome atribuído ao conjunto das colônias de bactérias intestinais, contém micro-organismos apatogênicos (comensais) e patogênicos (causadoras de doenças).Ela começa a ser formada durante o período intrauterino e parto, é estabelecida nos primeiros cinco anos de vida e mantida até a idade adulta.
A microbiota intestinal tem uma importante influencia sobre os processos metabólicos, no funcionamento do sistema imunológico, na produção de vitaminas e de algumas substâncias que favorecem o funcionamento intestinal e previnem o surgimento de doenças. No entanto, essas condições benéficas podem ser observadas apenas em situação de simbiose, ou seja, quando há um equilíbrio entre micro-organismos comensais e patogênicos.
Cada indivíduo possui uma composição microbiana única, que sofre influência dos tipos de bactérias adquiridas por transmissão vertical materna, composição genética do indivíduo, dieta, uso de medicamentos, infecções intestinais e estresse. A exposição à fatores agressores como estresse, consumo exagerado de álcool, tabagismo, uso de antibióticos e dieta não saudável podem causar desequilíbrio da microbiota, com aumento das bactérias patogênicas e diminuição das bactérias comensais. Esse quadro é conhecido como disbiose e está associado ao surgimento de algumas doenças, das quais, muitas associadas ao trato gastrointestinal, como doença inflamatória intestinal, síndrome do intestino irritável e constipação e outras sistêmicas como obesidade.
Há grande e crescente interesse clínico em se conhecer a microbiota de indivíduos saudáveis, e principalmente de não saudáveis, uma vez que, ao ter esse conhecimento, poderemos traçar melhores condutas de intervenção, corrigir quadros de disbiose e melhorar o tratamento clínico de diversas doenças.