Os probióticos devem ser ingeridos diariamente para que seu efeito seja contínuo. Em adultos, a dose recomendada é de 5 bilhões de unidades formadoras de colônias (UFC)/dia/g ou ml de produto (ou seja, 5×109 UFC/dia/g ou ml), durante pelo menos cinco dias, para que o probiótico exerça algum benefício. Embora a dose preconizada seja esta, os efeitos terapêuticos apresentam doses variáveis de 106 a 109 UFC.
Em termos práticos a quantidade recomendada corresponde a ingestão diária de dois a três iogurtes com culturas probióticas. Porém, a concentração de probióticos nos produtos apresenta muita variação e não há padrões de identidade dos níveis das bactérias no iogurte e outros produtos lácteos.
A indicação de consumo de probióticos para crianças é exatamente no momento da instalação da microbiota intestinal do lactente, ou seja, no período entre 18 e 24 meses, pois nesta fase a microbiota é mais simples, estável e mais fortemente influenciada pela nutrição. Se introduzidos nesta fase, os probióticos passam a fazer parte da microbiota e podem prevenir doenças. Os estudiosos ainda não estabeleceram uma recomendação de ingestão na população pediátrica, mas tem sido promissores os estudos nos casos de gastroenterite aguda, doença inflamatória intestinal e doenças alérgicas.