Crianças alimentadas com fórmulas possuem maior colonização intestinal de Bacteriodetes, enquanto o microbioma intestinal de crianças alimentadas pelo leite materno possui mais Firmicutes. Essa característica vai se modificando, principalmente após a introdução alimentar, e a colônia intestinal passa a ser mais semelhante à de um adulto por volta dos três anos de idade.
Há evidências de que a dieta molda a abundância relativa de filos dominantes e populações de grupos bacterianos específicos, uma vez que o consumo denutrientes específicos afeta a estrutura da comunidade e fornece substratos para o metabolismo microbiano. Maior presença de Bacteroides, por exemplo, foi associado à dieta do tipo ocidental rica em proteínas animal e gordura, enquanto maior quantidade de Prevotella foi associada ao consumo de fibras vegetais. Parece que as alterações mais significativas e positivas na microbiota intestinal têm sido associadas ao consumo de fibras alimentares, frutas, vegetais e proteínas vegetais, por esses alimentos promoverem o crescimento de microorganismos benéficos e produção de ácidos graxos de cadeia curta, evitando assim a disbiose intestinal e os consequentes prejuízos à saúde.
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